机能学中心实验室是在对原先的生理、病理生理和药理学科本科实验教学资源进行重组和整合的基础上，于1999年底建立并逐渐发展起来的。在建设综合性平台基础上，机能各学科教师经过充分酝酿，对传统实验课程进行改革，建立科学的实验课程体系。首先对全部经典基础医学实验项目进行逐一筛选，将论证效果好、说服力强、有利于提高学生动手能力的基础实验项目挑选出来并列入实验教学大纲。对具有一定难度、但有益于学生强化理论、开拓思路的实验内容则积极争取条件开展。将部分陈旧、重叠的实验进行精简和整合，删除重复内容，增加综合性实验比例，使学生能够综合运用所学知识，改原单科性实验为综合实验，同时发挥自身的主观能动性,提高自主学习能力，并根据学科发展和实验教学改革要求，定期进行部分实验教学项目的调整，使之符合实验教学的需要。
近年来，我们对《医学机能学实验课程》不断进行新的探索和尝试:
1. 贯彻以人为本的"个性化"教育观念，积极创造学生自主学习空间
（1） 将计算机模拟、仿真技术引入医学实验教学，开展"虚拟实验"，积极地为学生提供自主学习的环境和条件，学生能独立地利用教学软件模拟动物实验，学生可以不受时间、动物资源、药物器械等资源的限制，自主安排实验项目，反复练习。
（2） 开设设计性实验和科研实践训练，学生可根据自己的知识结构和兴趣特点自由选题。
2. 以培养学生"创造能力"和"综合素质"为目标，设计创新课程体系
（1） 以系统为中心、以问题为导向，融生理功能、疾病变化和药物作用的知识为一体设计课程内容，使所学知识能够融会贯通，更贴近真实，贴近应用。
（2） 开展设计性实验。课程不设置既定的内容，不规定条条框框，只进行方法的提示和思路引导,让学生倾其所能自由选题,有利于培养创新能力和综合素质。
3. 调整开课时间，将基本技能训练和各学科经典实验与各学科理论教学同步进行，综合和设计性实验在各相关理论课程结束后进行，从而进一步强化这些实验项目在提高学生实践能力、综合思维和创新意识方面的职能。
经过对该课程多年的实践和总结后，由安徽医科大学机能实验中心编写的《医学机能学实验教程》一书，2009年2月由科学出版社出版发行。作为“基础医学实验教学中心的建设和实践”项目的主要组成部分，2008年获安徽医科大学校级教学成果特等奖，安徽省级教学成果一等奖。“机能学实验课程体系建设与创新型人才培养”2008年获省级教学成果三等奖。“机能学实验室的建设、实践和示范作用”2008年获校级教学成果二等奖。
