病原与免疫学实验中心成立于2006年3月，由原来的形态学中心实验室剥离出来，现由医学微生物学、人体寄生虫学和免疫学3个学科的教学实验室组成。通过整合已形成综合性、开放性的实验教学平台，全面负责、实施和完成上述3个学科的全校本科生和研究生的实验教学任务。中心直接受基础医学院领导，实行校、院二级管理，中心主任负责的新体制。近年来，在学校和基础医学院领导的大力支持下，在原形态学中心实验室已成功申报安徽省高校基础课实验教学示范中心、中央与地方共建高校基础实验室项目的积极影响和有力推动下，病原与免疫学实验中心的建设按较高的标准进行。实验室有计算机多媒体教学系统、超净工作台、生物安全柜、正置明视场和倒置生物显微镜、倒置荧光显微镜、多功PCR仪、高速冷冻离心机、二氧化碳恒温培养箱、厌氧培养箱、各式生物培养箱和人工气候箱、温控致冷摇床、-86℃超低温冰箱、冷冻干燥机、紫外分光光度计、BioTek酶标仪、蛋白质纯化系统、小型发酵罐、电泳凝胶成像分析系统、微量荧光检测仪，大容量高压灭菌锅等先进设备。能满足基本实验设备1台/每学生或1台/每室。中心树立以学生为本，知识传授、能力培养、素质提高协调发展的教育理念和以能力培养为核心的实验教学观念，如今在广大教职员工的忘我工作和共同努力下，本中心已初具规模，开始显现出明显的实验教学优势和管理优势，已建成设备齐全实用、布局科学合理、管理规范先进的适于各层面实验教学和研究的现代化实验平台，除承担全校学生的实验课程教学外，同时还为学生进行各种开放实验项目及各种课外科研活动提供了研究平台。已产生较好的教学效果和社会影响。
　　实验中心以学生为本，坚持以传授知识、培养能力、提高素质、注重创新为核心。依据学科特点，优化组合实验室与实验教学平台。整合分散建设、分散管理的实验室和实验教学资源，调整人员结构。从组织建设、实验室建设、制度建设、队伍建设、一直到最后人员聘用及其具体任务的落实，认真抓好实验中心的建设和发展。以资源共享，开放服务，理论教学与实验教学互通，教学、科研与技术兼容，基础与前沿、经典与现代结合为主线。
　　理念先进，以培养学生实践能力、创新能力和提高教学质量为宗旨，具有理论教学与实验教学统筹协调的和谐氛围。建立了能力与创新培养为核心的合理实验教学体系。
　　运行机制健全，管理模式完善，运行机制和管理模式始终围绕着有利于激励学生学习和提高能力的管理机制。建立了实验教学的科学评价机制，积极引导教师和学生改革创新。