基础医学院发端于1926年成立于上海的东南医科大学（安徽医科大学前身）的若干学科，后经半个世纪的发展壮大， 1976年学校整合人体解剖学、药理学、生物化学等若干学科（教研室），设立基础部，2000年6月正式更名为基础医学院。

学院拥有一支学科、学源、学历、职称结构较为合理，勤政廉政、爱岗敬业、乐于奉献、专业精湛、乐教善教的教职工队伍。学院现有在职教职工272人，其中专任教师197人（包括教授43人、副教授106人），实验技术人员60人（包括高级实验师11人，校聘副研究员4人）；目前已取得博士学位的教职工154人；博士生导师30人，硕士生导师104人。拥有二级教授3人、全国优秀教师2人、省级劳动模范6人、省级教学名师8人、省级教坛新秀12人。曾获得全国模范教师、全国“三八红旗手”、省级优秀共产党员、省先进工作者、江淮十大女杰、省“三八红旗手”、省十佳女教育工作者各1人次。
学院以二级学科为基本单位，下设12个教研室（病理解剖学、病理生理学、生物化学与分子生物学、生理学、药理学、组织胚胎学、微生物学、寄生虫学、免疫学、化学、人体解剖学、核医学）和2个课程组(基础医学概论与神经生物)；3个教学实验中心（形态、机能、病原与免疫）和2个科研实验平台（综合实验室和P2动物实验室）。另设有9个研究所（中心）：基础医学研究所、天然药物研究所、生物药物研究所、神经生物学研究所、临床病毒研究所、人兽共患病研究所、放射医学研究所、干细胞研究所和过敏与免疫研究中心。

学院现有国家级教学示范中心2个(基础医学虚拟仿真实验教学中心和基础医学实验教学示范中心)、省级重点学科4个、省部级重点实验室4个，另有省级科技公共服务平台、省级领军人才团队以及省高校科研创新平台团队各1个；有博士学位授权一级学科点2个（基础医学、药学），博士学位授权二级学科点9个，硕士学位授权二级学科点16个（含专业学位授权点1个），在读博士55人，在读硕士452人。现有两个本科招生专业（基础医学与放射医学），其中基础医学专业2019年恢复招生, 放射医学专业2020年开始招生。

近年来，学院涌现出一大批在教学、科研一线上做出优异成绩的突出人才，2人入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”；1人获得霍英东教育基金会高等院校青年教师基金；省学术技术带头人9人，省学术技术带头人后备人选24人；2人入选安徽省“特支计划”；皖江学者特聘教授和青年皖江学者各2人；4人入选安徽省高校“优秀人才计划”拔尖人才；12人入选省高校学科带头人培养对象；3人获安徽省杰出青年基金，4人获安徽省优秀青年基金；7人入选安徽省高校学科(专业)拔尖人才学术资助项目，8人入选安徽省高校优秀中青年骨干人才国内外访学研修项目，11人入选安徽省高校优秀青年人才支持计划项目。1991年以来，先后有49人享受国务院或省政府特殊津贴。

近三年来，学院新增省级以上教学研究项目39项（包括国家级示范性虚拟仿真实验教学项目1项、教育部高等教育司产学合作协同育人项目2项），省级教学成果奖二等奖1项、三等奖3项。新增省级以上科研项目127项（包括国家自然科学基金项目58项）；获得安徽省科学技术奖一等奖1项、二等奖和三等奖各2项；三年来学院教师以第一作者或通讯作者发表SCI收录论文共计325篇，42篇论文影响因子大于5.0，已获得国家发明专利10项。

基础医学院党委下设17个党支部，现有党员255名。教职工158名，其中正式党员157名，预备党员1名。研究生党员97名，其中正式党员83名，预备党员14名。教职工党员中博士91人，硕士48人；教授17人，副教授55人。

面向未来，基础医学院始终把人才培养、科学研究、社会服务、文化传承和创新、国际交流与合作贯穿到办院兴院、立德树人的全过程，努力为实现建设高水平医科大学的大担当、培育百千万良医的大责任和服务人民群众的大情怀的“安医大发展之梦”贡献自己的力量与才智！